Zgodnie z art. 240 ust. 3 oraz art. 317 ust. 1 pkt 5 ust. 4 ustawy z dnia 20 lipca 2017 r. Prawo wodne PGW WP RZGW sporządza na potrzeby opracowania planów gospodarowania wodami na obszarach dorzeczy następujące wykazy obszarów chronionych, zawarte w tzw. rejestrze obszarów chronionych:  

• jednolitych części wód przeznaczonych do poboru wody na potrzeby zaopatrzenia ludności w wodę przeznaczoną do spożycia przez ludzi, o których mowa w art. 71 ustawy Prawo wodne;
• jednolitych części wód przeznaczonych do celów rekreacyjnych, w tym kąpieliskowych;
• obszarów wrażliwych na eutrofizację wywołaną zanieczyszczeniami pochodzącymi ze źródeł komunalnych rozumianą jako wzbogacanie wód biogenami, w szczególności związkami azotu lub fosforu, powodującymi przyspieszony wzrost glonów oraz wyższych form życia roślinnego, w wyniku którego następują niepożądane zakłócenia biologicznych stosunków w środowisku wodnym oraz pogorszenie jakości tych wód;
• obszarów przeznaczonych do ochrony siedlisk i gatunków dla których utrzymanie lub poprawa stanu wód jest ważnym czynnikiem w ich ochronie;
• obszarów przeznaczonych do ochrony gatunków zwierząt wodnych o znaczeniu gospodarczym (zostanie opracowany po opublikowaniu rozporządzenia, wskazanego w art. 85 ust. 4 ustawy Prawo wodne)

Dodatkowo zgodnie z art. 240 ust. 3 oraz art. 317 ust. 1 pkt 8 ustawy z dnia 20 lipca 2017 r. Prawo wodne PGW WP RZGW sporządza na potrzeby opracowania planów gospodarowania wodami na obszarach dorzeczy wykaz wielkości emisji i stężeń substancji priorytetowych i szczególnie szkodliwych dla środowiska.